What Sanhedrin

The Ramban at the beginning of the parsha says that besides the Beis Din of 71 that was in charge of all of Klal Yisroel, there is a Beis Din in charge of every tribe.  In his words,
ויתכן לפרש שחייב הכתוב למנות ב״ד על כל השבט, והוא ישפוט את כולם, ואחרי כן נמנה ב״ד בכל עיר ועיר, שישפוט את העיר. ואף על פי שכולם שוים במנין, שהם כ״ג בדיני נפשות וג׳ בדיני ממונות, אבל הגדולים שבהם בחכמה יתמנו על כל השבט, ותחתיהם לכל עיר ועיר. ואין בעלי הדין יכולין לכוף זה את זה לדון אלא בפני ב״ד שבעירם, לא בפני ב״ד שבעיר אחרת, ואפילו היו שני בעלי הדין בעיר אחרת, יכול לומר נלך לפני ב״ד שבעירנו, אבל ב״ד השבט יכול לכוף כל אנשי שבטו לדון לפניו, ואפילו היו הנדונים בעירם יכול לומר לב״ד הגדול של שבט אזילנא, וכן אם נסתפקו בתי דינין של עיירות יבאו לפני ב״ד הגדול של שבט, וישאלו. כדרך שסנהדרי גדולה ממונה על כל בתי דינין של כל ישראל, כך יהא ב״ד אחד ממונה על כל שבט ושבט. ואם הוצרכו לתקן ולגזור דבר על שבט שלהם, גוזרין ומתקנין, והיא לשבט כגזרת סנהדרי גדולה על כל ישראל. וזה הב״ד הוא המוזכר במסכת הוריות (בבלי הוריות ה׳) ששנינו בו: הורו בית דין של אחד מן השבטים ועשה אותו השבט על פיהם, אותו השבט חייב ושאר השבטים פטורים וכו׳.  According  to the Ramban the obligation to listen to Sanhedrin is because it is considered  the authoritative Beis Din in the region. Therefore, this obligation applies to  is to the  Beis Din appointed over the שבט as well.

The Rambam (beginning of Mammrim) gives a different explanation for the obligation to listen to the Sanhedrin.  In his words,  בית דין הגדול שבירושלים הם עיקר תורה שבעל פה והם עמודי ההוראה ומהם חק ומשפט יוצא לכל ישראל ועליהן הבטיחה תורה שנאמר על פי התורה אשר יורוך זו מצות עשה וכל המאמין במשה רבינו ובתורתו חייב לסמוך מעשה הדת עליהן ולישען עליהן כל מי שאינו עושה כהוראתן עובר בלא תעשה שנאמר לא תסור מכל הדבר אשר יגידו לך ימין ושמאל.  According to his explanation is is only a command for the Sanhedrin Hagadol that their word is considered to be part of the תורה שבעל פה.  Therefore, he makes no mention of the concept of a Beis Din in charge of the שבט for in his view there is no such authority (Mishnas Yaavetz Choshen Mishpat siman 7.)