Two Functions Of Beis Din

 The Gemorah in Shavuot (14b-15a) that additions to the Mikdash or Jerusalem can only be done with a king, a prophet, the Urim VeTummim, and the Sanhedrin of seventy-one judges because it says ככל אשר אני מראה אותך את תבנית המשכן ואת תבנית כל כליו וכן תעשו and the Gemorah has a derash לדורות.  Rashi explains וכן תעשו - קרא יתירא למידרש לדורות ובימי משה דהוא מלך ונביא ואחיו כהן גדול ואורים ותומים ושבעים זקנים:

The Rambam Sanhedrin (5:1) says: וְאֵין מוֹסִיפִין עַל הָעִיר וְעַל הָעֲזָרוֹת וְלֹא מוֹצִיאִין לְמִלְחֶמֶת הָרְשׁוּת וְלִמְדִידַת הֶחָלָל אֶלָּא עַל פִּי בֵּית דִּין הַגָּדוֹל. שֶׁנֶּאֱמַר (שמות יח כב) "כָּל הַדָּבָר הַגָּדל יָבִיאוּ אֵלֶיךָ."  The Kesef Mishna asks תימה הוא זה שמביא האי קרא דכל הדבר הגדול לתוספת העיר והעזרות ובגמ' מביא פסוק אחר וכן תעשו דדרשינן וכן תעשו לדורות והוא מביא האי קרא דכל הדבר הגדול?  To make matters worse, the Rambam himself brings the possuk of the Gemorah in Beas Mikdash (6:11) בֵּית דִּין שֶׁרָצוּ לְהוֹסִיף עַל יְרוּשָׁלַיִם אוֹ לְהוֹסִיף עַל הָעֲזָרָה מוֹסִיפִין. וְיֵשׁ לָהֶם לִמְשֹׁךְ הָעֲזָרָה עַד הַמָּקוֹם שֶׁיִּרְצוּ מֵהַר הַבַּיִת וְלִמְשֹׁךְ חוֹמַת יְרוּשָׁלַיִם עַד מָקוֹם שֶׁיִּרְצוּ:אֵין מוֹסִיפִין עַל הָעִיר אוֹ עַל הָעֲזָרוֹת אֶלָּא עַל פִּי הַמֶּלֶךְ וְעַל פִּי נָבִיא וּבְאוּרִים וְתֻמִּים וְעַל פִּי סַנְהֶדְרִין שֶׁל שִׁבְעִים וְאֶחָד זְקֵנִים שֶׁנֶּאֱמַר (שמות כה ט) "כְּכל אֲשֶׁר אֲנִי מַרְאֶה אוֹתְךָ" וְכֵן תַּעֲשׂוּ לְדוֹרוֹת. וּמשֶׁה רַבֵּנוּ מֶלֶךְ הָיָה: A contradiction in Rambam?   

The Briskor Rav on this halacha explains that there are two functions of Sanhedrin.  Sometimes Sanhedrin is necessary as a body of law to enact certain things.  Other times they may just act as the representatives of the entirety of Klal Yisroel.  In the Laws of Sanhedrin the Rambam is listing things where the Sanhedrin must act as a body of law to accomplish certain things.  Matters that are דבר הגדול require the act of ב"ד הגדול.  That is one aspect of adding to the Mikdash or Jerusalem.  It is a דבר הגדול and requires the Sanhedrin.  

In the Laws of Beas Mikdash the Rambam starts off saying ב"ד שרצו להוסיף he is talking about the בית דין, so then why does he say you need the Sanhedrin of 71?  And why the switch in terminology from בית דין to סַנְהֶדְרִין שֶׁל שִׁבְעִים וְאֶחָד?  And why in Laws of Sanhedrin does he call them the בית דין הגדול and in Beas Mikdash סַנְהֶדְרִין שֶׁל שִׁבְעִים וְאֶחָד?  Because the Rambam here is adding the second function of the Sanhedrin.  The בית דין that decides when to do דברים גדולים  requires as part of the process of adding to the Mikdash/ Jerusalem the סַנְהֶדְרִין שֶׁל שִׁבְעִים וְאֶחָד to represent the body of Kal Yisroel.  In this function of representing Kal Yisroel they are called סַנְהֶדְרִין שֶׁל שִׁבְעִים וְאֶחָד.  It is only when they are acting as the great Beis Din to decide great matters that they are called בית דין הגדול.  Now we understand why the Rambam needs both pessukim.  The possuk of כָּל הַדָּבָר הַגָּדל יָבִיאוּ אֵלֶיךָ tells us that the Sanhedrin is required to act in doing matters of great importance.  In Beas Mikdash he brings וכן תעשו as part of the process of doing sanctification the Sanhedrin is required to represent Klal Yisroel.  (Based upon a shiur from Rav Ozer.)